В Mega Man Powered Up показано ближайшее будущее, где dr.Light и его исследователи разработали человекоподобных роботов для улучшения условий жизни человечества. И всё у них шло отлично, пока злой гений dr.Wily подчинил своей воле нескольких роботов с целью захватить планету. И теперь только робот Mega Man может его остановить...